逃出发电所之后，此时从上校处收到消息，将军再次向政府提出要求，他说即使炸毁发电所， Metal Gear也能发射核弹，而时限更因此被减至一小时，即是说要阻止就只有破坏Metal Gear。此时在发电所外遇到占美，他身旁一具尸体，怎看也是个男的，占美说那是助他离开的Delta Force队员史密夫少尉，之前姬丝不是说她是唯一生还的Delta Force吗？那这具尸体又如何解释？此时占美因为看见人死亡而十分害怕，感到要阻止杀戮，于是想 说出破 坏Metal Gear的方法，怎料扣着他的手铐爆炸，原来是个手铐炸弹，众人只能眼巴巴看着这个胖小子被炸 死！可 恶，连一个小孩子也不放过！
占美死后，大家都对有两名Delta Force成员感到奇怪，此时Weasel及Brian一口咬定姬丝是间 谍，是 Black Chambers的第五人，与她接触过的也是半信半疑，因为她实在有着不少谜团，而答案就只能 从她身 上找到。发电所被毁，美军已乘乱派出F-22轰炸山上的野炮群开路。
Stage 10突破 目标时间：4分钟以下
沿以前的山路前进，同样是小心地雷阵，在野炮阵会取得大量手榴弹，到了山顶时会再遇 上战斗 直升机的攻击，但坐在里面的不是Viper，而是……姬丝！怎可能会是这样？但为了得知真相，先把 直升机 击落再算。直升机的攻击有机枪及飞弹，机枪可以利用现场的岩石挡开，而飞弹由于是直线进行， 可看着其 方向来避开，另外直升机飞过上空时会投下炸弹，看着影子的位置便可避开。基本上当它发射飞弹 时，或者 机枪的攻击减弱时，便走近投掷手榴弹攻击，掷完的时候地图会出现弹药补充。
击败了直升机后，它会在附近坠毁，走近后发现那女的并非姬丝，是片段中站在将军旁的女 子。她叫 苏菲（Sophie)，是将军的左右手，此时她以手枪指过来，想看看这个传说如何不外如是，然而直升 机的残 骸发生爆炸，形势以也扭转过来，枪口指着的是她。她说出了加入Gilif的经过，本来她是个混血 儿，过着 平常的生活，然而政府的腐败令她失去了一切。为了报复，为了理想，她加入了Gilif，助将军一臂 之力， 但她知道自己只是将军手上的一只棋子，加上面对着死亡，她感到自己的无力。眼见她没有威胁， 杀她也只 是多花子弹而己，她问为何不杀，只回了一句没子弹，信不信由你。而前往地下基地之前，她留下 了真相的 丝索，姬丝仍然生存，在Viper的手上。
Stage11 找出Metal Gear所在 目标时间：15分钟以下
进入了地下基地，肯定一点是Metal Gear是藏于地下深处的，由于这里其实是七年前的 "Outer Heaven"，即是说Metal Gear相信会在地下100层，那当然要找出升降机前往了。先打开上方的门，然后左方 走，经那些货箱避过敌人的视线到B1，利用Nikita击毁下方的配电箱，然后回到1F入口的左面房 间。到了 B1经电流地板到右方，发射Nikita到右上方的配电箱，由于中途布满了机枪，若以蛇行经过必定被 击落， 先在下方调整位置，然后斜向一口气到顶转向配电箱。破坏了两个配电箱，便回头上1F，经右上方 的楼梯到 B1，经过两扇门到上方的墙，那里的墙可炸开（敲打便知），进入那里破坏配电箱及取得ID card Lv5，之后便回到1F，经B1下方的路前进，到达1F的升降机前往B50。
到 了B50，目的是取得ID card Lv6前往更深层。首先要越过升降机外面的地雷阵，之后过了数层闸门便到达一处红 外线监视器的房间，还有一个监视摄影机，与以前同样是毒气室。戴上热能视镜，观察监视器， 另外利用监视器挡过摄影机，到达左面的房间。房内两名士兵，其中一名只会站着监 视两边，留意他监视的方向不难避开，别忘了换回ID card。向上方前进直到另一所红外线监视的房间，戴着热能视镜一直前进到它后面的 暗房，向上走炸开墙壁到左边的门利用办公桌避过士兵到暗房的上方，炸开右面两道墙到门口，若 用尽C4的 话，便先往上取得C4再前进。从房间的下方再到暗房，炸掉左面的墙向下走再炸开墙便可离开暗 房，那里有 一个布了电流地板的房间，用Nikita破坏配电箱后便取得ID card LV6。
取得ID card后先往右下方走，跟着进入左面的房间避开敌兵，然后经下方红外线监视的房间 到左面尽头的升降机往B99。到了B99以后取得军粮，然后回去B99，取得B99的所有物品后，由右面 的升降 机再到B99，取得当中的物品后便往左面的独立升降机到B100。到了B100，往左面调查的时候，，竟 发现了 七年前留下的东西——第一台Metal gear!想不到其残骸一直存放于这里。既是说这七年来Outer Heaven其实没有改变过。
再往右方的通路走到达了存放新型Metal Gear的储存库，此时地面一阵震动， 得知Metal Gear刚离开了储存库。取了路尽头的物品后便进入右面的房间，虽然仍未接近Metal Gear，但一个人已在这里等待着——Black Arts Viper。这个Black Chambers的头 目，他说Black Chambers 一直是Fox-Hound的影子，Fox-Hound要毁灭Metal Gear，而他们则是为 CIA救 Metal Gear！为了让众人名扬天下，因此要超越被称为最强的Fox-Hound。此时他把在手中 的姬丝带出来，见她仍然生存，表示了迷题仍有机会解开。而Viper让她出来的目的，是要她看看 “传说中 的英雄”的下场……
Viper的攻击方式有二种：一是在场中拉起爆炸索，另一个则是随机出现于 地板的炸弹。前者可以伏下爬过，后者则是出现的时候（地板会闪动）走开，Viper每次中枪后会改 变爆炸 索位置，留意爆炸索的位置爬过，再找出Viper的位置攻击，通常他会是在对角的位置出现，利用R5 便成。
Stage12 破坏Metal Gear 目标时间：6分钟以下
击倒了viper之后，他说要同归于尽，而引爆房间里的炸弹，于是立即救出 姬丝一同离开。而她的真正身份亦揭露了，其实她是陆军参谋长柏加派来，暗杀将军及消灭一切关 于 “Project Babel”的证据。虽然未能证实，但也没有令人怀疑之处，于是着令她尽快离开要 塞。从房间出来是一台大型升降机，收集那里的物品后往上方走，收集路上的所有弹药，到了路尽 头的时 候，突然一片光亮，一台巨物出现在眼前，那正是这次行动的目标——Metal Gear Gander!而上面站着一个人影，是将军！将军说，一切都在掌握之中，包括 Black Chambers，陆军参谋长派姬丝来都是被他利用的。决胜负的时候终于来临了，他开动 了Metal Gear，向着这边移动过来！
要阻止Metal Gear前进，自然是破坏其双脚，本来以对付一台战车来说， 地雷是最适合不过的，不过对付Metal Gear这步行战车，使用地雷确是有一定的困难，因此改用C4作战。首先留意其双脚的 影子，当影子停下来时便设下C4，踏下时引爆便成，大约７至８各个便会将其双脚破坏。由于爆炸 令眼前一 片朦胧，，众人以为Metal Gear已被破坏，然而视野清晰之后，发现其上身仍能运作！
Metal Gear的上身，有三组地方可以作出攻击，包括最头部两侧的机枪，头顶的两座炮 台， 以及背部的导弹舱。基本上利用手榴弹，集中于攻击机枪便成，较佳的作法是在机枪的正前投掷， 不但能截 住机枪的攻击，也较易避开炮台的攻击，而浮于半空中的无人攻击机WISP出现时，则利用chaff gernade令它们麻痹．另外留意场中的声音，背部导弹舱发射时便会响起巨大声响， 先走到下方的空地，把导弹引到下方，再向上走避开，此时也可用Nikita攻击导弹库。当Metal Gear受到一定的破坏后，这四种攻击会全部停止，改由腰部的火焰发射器攻击，一边 避开火焰，一边向发射舱投手榴弹便可将Metal Gear击毁！
将军败了，在死前他说出了Outer Heaven、Metal Gear、Gilif，以及 “Project Babel”与美国的关系。Outer Heaven是美国政府暗中援助的要塞国家，作为佣兵的派遣公司，非正 式地 提供反美的军事力量。而负责的竟是当时的DDCI。当年Big Boss如政府所料无法控制，因此美国将 Outer Heaven推翻，为了掩饰而把当时的工作员称为英雄。而其后两者关系因为“Project Bable”而继续，Outer Heaven成了现在的Gilif，负责人便是将军本人，借此让非洲出现反美势 力，加上 内战，美国为首的维和部队便有理由进驻。这种利用可控制的混乱，令冷战后出现的混乱形势得以 持续，以 保持美国处于世界警察地位的计划，便是“Project Bable”，负责人正是陆军参谋长。他把一切的证据放进了磁碟内，作为自保之用， 这也是姬丝任务的目标。最后留下了对一切理想的冷嘲，以及对苏菲那份笑容的回忆，他呼出了最 后一口 气。本以为一切任务已完成了，怎料此时一把声音响起，竟是Viper！这家伙还未死！
Stage 13 生死时速 目标时间：70秒以下
Viper还未死，他说一切都是命运的安排，此时大佐通讯发现了Black Cambers的第五人，然而突然一片混乱，其后Brian出现，原来第五人正是他！Viper 开动了Metal Gear的残骸，说要发射核弹，破坏了Metal Gear还可这样做？原来这台Metal Gear不只是核搭载二足步行战车，其实它可为地球上空七颗载有核弹的卫星作即时导 航，兼作为核攻击管制系统！他不只要报复，更要向命运宣战！
