回家PLUG IN，洛克人和朋友们在オフィシァルスクエア会合，报名参加找旗帜游戏，找到两面旗帜就可以交差了。
收到やいと出事的消息，去她家。デカオ进去后也不见消息，热斗进去发现到处是煤气，让洛克人浴室里PLUG IN关煤气，先救デカオ，之后洛克人关煤气也没效果，热斗在やいと的梳妆台找到扇子，扇走了洛克人处的煤气，使洛克人找到BOSSエア-マン。BOSS倒了，事件也随之解决。
热斗想和朋友去野营，但是大家没空，于是决定利用这时间给洛克人要升B级别。坐地铁去マリンハ-バ-，在CENTER的楼下报名，进房间PLUG IN，和人对话开始测试。先打倒5组敌人，然后在デンサンエリア3某处帮一个人的忙找东西，在デンサンエリア2打败一个红色的家伙拿回东西给他，然后回测试处报告，再打倒5组敌人就通过了全部测试，朋友们的回信也到了，大家决定第二天去野营，回家睡个好觉！
去巴士车站会合朋友们一起去营地。遇虫子挡路时，在附近搜索3样东西，合起来使用赶虫子。遇熊时，在瀑布后发现的オぺラクラス可以使你明白这是机械熊，上前PLUG IN让洛克人关掉他。终于野营开始了，热斗与附近的人对话得到朋友们需要的物品。此时听到爆炸，去里面的区域，门前会有炎山的电话，要热斗破坏4个炸弹遥控器。第1个在营地小河上，第2个在水壶里，第3个在瀑布后，洛克人破坏3个后，在原先有虫子的区域会出现犯人，他身上的最后一个有クイックマン看守着。クイックマン不动时可以防御一切攻击，请小心对付。
热斗看到アジ-ナスクエア料理店开张的消息，但是要有A级别才能去。报名处的人要求热斗先完成看板上的3个特殊委托，才可以报名。第1委托人在秋原町，他要求打倒的家伙分别在デカオ的游戏机里，公园的机器人里，学校黑板里。第2委托人在コトブキスクエア（网上），通过デンサンスクエア的另一个传送点连接的デンサンエリア可以过去，在CENTER的咖啡机PLUG IN进去找到人完成委托。第3委托人在野营地，要求找到一个小程序（看起来是绿机器人），在デンサンエリア3可以找到。3个特殊委托完成，就报名测试，这次的题目差不多，不过第二问要找到并打倒网络上的两个家伙（在デンサンエリア2和コトブキスエリア）。
升完A级别，打开挡路的立方体去アジ-ナスクエア，到了发现没人，进最里面房间和カットマン作战。作战后热斗听说日本的主电脑遭入侵，去CENTER找爸爸，然后去オフィシァルスクエア的布告栏发帖打听チェンジ.BAT的情报。接MAIL后（或是在网络上过了一定时间，热斗会提醒）回布告栏看回音，先去秋原町问公园里的大叔，然后在野营地找到发信人，再去コトブキスクエア找紫衣服的人询问，最后在アジ-ナスクエア最里面房间得到チェンジ.BAT，出来时会被当小偷而遭攻击。把东西给爸爸，洛克人的程式有了一些变化。去オフィシァルスクエア打倒一个家伙，然后回去找爸爸进主控电脑的房间，先解除安全门，最后解决主控电脑的入侵者シァド-マン。迷宫有假名的地段必须按特定顺序踩才能通过，附近的人会给出提示，日文不好的人请SAVE后一个个试。
因为上次的入侵事件，主角接到出国去アメロッパBATTLER本部开会的邀请。去CENTER服务台领电子护照，（这里可以和蒙面男对战得到第2套DECK！）坐地铁去机场。通过安全门时洛克人被没收，但是可以从炎山处要回来。某个人撞了热斗，又偷走了所有的钱！%@#$……到了アメロッパ，找那个偷钱的家伙要回钱。出机场前请整理好DECK，因为会上黑车，丢失所有不在DECK里的CHIP。进旅馆后热斗和洛克人发生争执，热斗一个人跑出门乱逛。此时会发现上一代的CHIP店老板，在他的开导下热斗回旅馆找洛克人和好，并得知有人趁机偷了护照。在小巷里从小孩处问到护照的消息，打败印第安人的サンダ-マン获得CODE后，通过录音机PLUG IN，在アメロッパスクエア某人得到进一步消息，在附近的区域找到正准备出售护照的人，夺回护照。再次从小孩处问到卡片的消息，在珠宝店打老女人的スネ-クマン,拿回卡片。
大会当天，热斗穿过城堡内的墙壁进入会场，和所有人对话后会议开始，但大家都掉进了陷阱。一个房间一个房间的PLUG IN，破解机关，注意有一种幽灵型的敌人只能用剑攻击。见到炎山，因为以为对方是内奸，要打一场，注意ブル-ス比一代强很多，赢的不轻松。印第安人揭露了内奸，再打倒ナイトマン就可以看剧情了。
回国的日子到了，飞机上先四处逛逛；过一会儿热斗上厕所，发现有人倒在地上，找医生来看，说是毒蜘蛛咬伤。找那个秃头，他需要四样东西抓毒蜘蛛：笼子（驾驶舱）、绳（老太有）、棒子（空姐有）和威士忌（头等舱的墨镜有，要重复对他的话）。抓毒蜘蛛后，飞机又出现故障，这次就交给洛克人吧，BOSS是电磁人マグネットマン。解决事件后，终于能安全回家了。
（最长的事件）热斗接到メイル请求找ロ-ル的MAIL，AAL的MAIL会带给你免费机票，必须再去一次アメロッパ的会议室，和主席对话得到ONBAPコ-ド。网上出现了奇怪的冰块，以洛克人的力量打不碎。去找爸爸，得到打碎红冰块的物品。アジ-ナエリア可以救出ロ-ル，其他某些地方救人和在オフィシァルスクエア的布告栏看帖可以得知有关ヤミいしゃ的消息，然后在各个スクエア间奔波(包括ウラインタ-ネット的スクエア，要通过アメロッパエリア进去)，找人问KEYWORD（一个个都说自己是听另一人说的）最后总算在アメロッパエリア的网络商人处找到知道密码的人，密码居然是WWW。现在去ウラインタ-ネット，在这里スクエア的布告栏发出密码，就可以在该スクエア的商店附近见到ヤミいしゃ，他居然要求洛克人交出所有强化配件（会变成LV1），幸好这只是考验主角的诚意。他说，只要能给他发火的程序，他就可以制造打碎黄冰块的物品。发火的程序在野营地烤肉机里问人得到，给他后，他果然制造出打碎黄冰块的物品。アメロッパエリア2碎黄冰块救到一人，在ウラインタ-ネット3找到他弟弟，他正在研究冰块，并说需要青之碎片这种道具。回来告诉那人弟弟的消息后得到青之碎片A。然后在ウラインタ-ネット3看到另一条路上一个家伙称他有青之碎片B，又说主角不会找到他。收到炎山的MAIL提醒你找去コトブキエリア秘密入口的KEY，在アメロッパスクエア有人会给你（KEY-D），有了KEY-D就可以打开デンサンエリア1的传送点进入ウラコトブキエリア，这里连接着那条ウラインタ-ネット3的道路，打倒里面的家伙得到碎片和证件，并得知一系列事件的主谋ゴスぺル本部就在コトブキスクエア。コトブキスクエア中打开电子门，见到フリ-ズマン，打倒他后所有的冰块都消失了。回家见妈妈报平安后就可以睡觉了。
最终事件。长长的剧情之后，爸爸要洛克人再去コトブキスクエア调查一次。调查后，爸爸给了热斗必要的物品，希望热斗去コトブキ町找出元凶。マリンハ-バ-地铁剪票口选はい就到达コトブキ町。ゴスぺル大楼被强磁场保护着，在电梯处会遇到来帮忙的同学们，寒暄过后上楼，PLUG IN解除所有的强磁场发生器（就是找到相应代号的KEY），最后的强磁场发生器处会遇到以前的BOSSエア-マン、クイックマン和カットマン，不过车轮战也不会是洛克人的对手。完成后上30层，PLUG IN打倒ナイトマン、マグネットマン和フリ-ズマン解除强磁场发生器，然后SAVE，以后的剧情不能退出了。进最后的房间见到ゴスぺル的创造者，废话少说，洛克人会在路上得到朋友们的帮助，最后对手是フォルテ。打倒他，他会在剧情后变身成龙型，只有在他张开嘴时攻击他的嘴才有效，之后就是ENDING。
特别篇：ENDING后取档，在ウラインタ-ネット4可以通过红色的传送点进入WWWエリア，这里不能PLUG OUT，敌人非常强大，而且隐藏着一些像集成电路块的敌人，只有一次全灭才可以打倒（HP从200、350到620，攻击与HP相等，而且是10秒一次全区域攻击，还不能逃跑），隐藏的BOSS有ファラオマン、ナパ-ムマン、プラネットマン，最后还有真·フォルテ！
补充：
一、洛克人的变身：
在剧情发展得到チェンジ.BAT后，洛克人会在战斗结束后变身成新的形态。根据个人作战特色不同，洛克人的变身形态也不一样；根据所在环境不同，新形态的属性也会变化。同一种变身长期使用会LEVEL UP，获得能力提升。因为洛克人只能记忆最多3种变身，如果3种已满就不再领悟新的，所以在得到第3变身时就有个取舍的问题了。下面分析各种变身的特点，便于大家做判断。
形态有5种：
1、ガッツ，拥有2倍普通攻击力，同时连射力降为最低，喜欢用洛克枪攻击的人会得到这个形态。
2、カスタム，战斗开始时就可以选用7个CHIP，常用卡片攻击的人将得到这个形态。
3、ブラザ，作用不明的形态。
4、シ-ルド，战斗开始时有一层防护罩，可以抵挡一次攻击。常挨打（？）的人得到的形态。
