本攻略为刺客信条3完整文字流程攻略，写得比较简单，没有玩到本作的朋友可以先通过本文看看本作的剧情（可以当小说看），故事结局比较伤感，这也许就是一个刺客真实的归宿吧！
序章
序章过长CG介绍了刺客组织与圣殿骑士的恩怨，刺客和圣殿骑士们都掌握了通过祖先的记忆回到过去了解历史真相的科技，圣殿骑士们相信最纯正的历史，当他们发现历史不是他们原本想象的那样之时，便会用一些极端的手段将历史推上正轨，刺客们则要阻止他们的这些行为。
然而，一个比圣殿骑士与刺客组织都要可怕的威胁正在逼近。主角Desmond登场。主角一行人收到指引来到遗迹。本关属于基础教学，只要按照屏幕提示的操作完成任务即可。
通过了同步等级测试（即序幕的练习场景），先祖记忆的世界开始建立，主角将依附在先祖身上，揭开圣殿骑士想从主角祖先身上得到的秘密。场景切换到1754年的伦敦，玩家扮演Haytham kenway，正在前往剧院的路途中。在剧院中与Reginald对话后，开启鹰眼，发现目标此时正藏匿在最高处的包厢中。离开座位，通过楼梯爬到剧院的第二层包厢的外围，在沿着外围一路往上爬到尽头，翻到剧场上方的入口，发现门已上锁，使用按住左摇杆与右摇杆调整撬锁的位置，再按下RT键将门锁撬开。再跳到太阳挂饰上，会落下一段高度，翻到旁边的平台，在跳到月亮挂饰上，通过墙壁攀爬目标包厢外的走廊，开门进入。对话后按下X键将其杀害，取下他脖子上的一枚铜币后离开。
女仆进入贵宾室后发现尸体，剧场内一片混乱，主角很淡定地走到大门离开，门外有马车的接应。带着得到的铜币来到地下组织，组织头目认为铜币是一枚钥匙，能打开的门背后一定藏有不为人知的秘密，并且肯定英国皇室此刻也在寻找这一切。具体地点未知，主角的当前任务便是前往美国锁定目标，抢在对手之前找到答案。
组织早为Kenway安排了船只，横穿大西洋前往美国。第二天Kenway与船长打招呼，可是当时平民与贵族间的关系并不友好，Kenway受到了船长和船员的排斥。
在甲板上与船员一伙人发生冲突，开始了简单的战斗教学，首先是空手战斗的时候按住B键不放能弹开所有攻击，之后使用X能发动三连击。第二回合战斗的时候利在对手攻击的瞬间按下B键进入子弹时间，可以使用X的连击将对手击倒在地。船员最后不但不屈服还拔刀相向，被主角使用B键格挡后A键夺刀制服。船长赶到现场，训斥了在场所有人，拒绝听主角的解释。跟随船长到船长室，主角终于使出了看家本领，警告船长“不准再威胁他”，随后回到自己的房间休息，不悦的旅程才刚刚开始。
出海28天后，Kenway正在船舱研究铜币的秘密的时候，船长告诉Kenway最近船上有奇怪的流言，让Kenway自己去搞清楚到底怎么回事。Kenway来到仓库前，找到船员。船员表示需要小道消息的话找医生或者厨师比较合适。与医生或者厨师任意一人对话，再去船舱找James，James带着主角来到甲板上，James告诉主角Mills在散播此次航行凶险的消息并且劝船员们离开，最后James表示自己也不知道消息准不准确只希望安全到达彼岸。来到船舵边，与舵手对话，听到有异常的声音。回到船舱开启鹰眼，发掘仓库里的酒桶上有异常信息，调查后Kenway明白过来有人在向外界传递消息，很可能目标就是自己。调查完毕后，回到自己的房间休息。
第二天，Kenway来到甲板，告诉船长留意点James与Mills俩人，正在争执的时候船只遭到了攻击，船长让Kenway回到船舱，刚下船舱，Kenway就遇到了Mills，原来Mills早猜到了一切，并且决定出卖Kenway得到荣耀。Kenway建议决斗，Mills接受挑战并且顺利被干掉（悲剧）。来到甲板，告诉船长敌船的目标，并且使用手段使得船长屈服，决定冒着风暴的威胁继续前进。
在风暴中，船体受到损害，需要紧急修复。主角将协助船长将被闪电烧坏的绳子全部弄断，之后通过桅杆爬到船的船帆上把被风吹卷成一团的风帆解开。解开风帆后，在另外一侧的船帆受到了闪电的攻击，正在维修的James被悬挂在空中。主角救下James，回到甲板，回头看见背后追着的敌船逐渐沉没到海中。出海72天后，船长告诉Kenway到新大陆了。爬上桅杆的最高处，视线穿透浓雾，看见了游戏的主舞台---美国。
Sequence 2
1754年，Kenway到达波士顿，查理斯.李热情接待了他。Kenway身上有四封信件，并且主角无法离开Kenway记忆的地点太远，只能在查理斯一定范围内移动，在前往武器店的路上能够送出一封信件。在武器店门口，二人遇见了因为笔记被偷而苦恼不已的本杰明.富兰克林，富兰克林委托Kenway帮忙他找回丢失的笔记，之后在道具店能够找到富兰克林。武器店旁边能送出第三封信件。进入武器店，购买刺剑和火药枪。再来到武器店旁边，骑上马，与查理斯一同前往旅馆，在前往旅馆的路上能送出最后一封信件，最后达到旅馆门口，下马后能送出最后一封信。进入旅馆，完成到达波士顿的第一个任务。
来到旅馆二楼，见到威廉姆斯爵士（Sir William Johnson），Kenway希望得到他的帮助找到门的下落。威廉姆斯爵士表示自己的研究被偷了，此时无法为他们提供帮助，于是Kenway喊上查理斯一起去为他找回爵士的研究。离开旅馆，在旅馆门外与爵士的同行者汤姆斯.希基（Thomas Hickey）对话，三人前往Countyard取回爵士的东西。使用Y键击毙站岗的士兵开始战斗，汤姆斯与查理斯需要等待Kenway开枪才开始战斗，消灭掉大门边与练习射靶的士兵后，在院子门口触发剧情。剩余的窃贼逃入了院子里，并且关闭了大门。按住LT键移动准星使用火药枪将油桶点燃，可以炸掉大门。进入地上能捡到威廉姆斯爵士被偷的箱子，之前的三个窃贼返回，交战后窃贼头目告诉Kenway是一群之前没有见过的人交给他们的任务，Kenway放走了窃贼头目以警告英军。三人返回，汤姆斯此时的态度友好了许多，在返回的路上会遇到士兵的追击和埋伏，注意不能离队友太远，也不能让他们的血量低于百分之五十，到达马车并且将埋伏在马车周围的英军全部消灭后任务完成。把箱子还给爵士，爵士看过铜币护身符后觉得上面的图案似曾相似，在与印第安部落交易的时候见过，但是需要一定时间整理资料才能找出答案，他会在旅馆停留一段时间。（暂时空缺富兰克林的笔记任务）
第二天醒来，爵士告诉Kenway想要找到答案，需要先找到一个叫本杰明.丘奇（Benjamin Church）的人。在旅馆门口与查理斯对话，前往丘奇的家，在查理斯非常暴力的开门方式下进到房间内，却发现丘奇早被人抓走。Kenway撕下了丘奇照片的头像以做参考，二人前往市区偷听的对话丘奇邻居的对话寻找线索。橘黄色标记的人物即是在没有发现Kenway情况下中立的人物，靠近他们的声音范围能听到他们的说话，但是靠太近了会被发现而导致任务失败。在拐角处会进行窃听教学，当黄色标记内部装满的时候需要赶紧掩藏自己，在这里只需要站在靠墙的两个路人中间即可。在他们离开后，Kenway前往教堂，在教堂楼顶搜索目标进行一次"信仰之跃",跳到楼下装满树叶的垃圾车中。在绿色区域地带有两队巡逻的卫兵，需要在他们的声音范围内偷听并且不会被发现，他们比较好对付，可以混在行人中间或者躲在垃圾车里。再在房间后面偷听一段对话，窃听任务完成，查理斯与Kenway会和。二人进入红色区域，先假装路人再靠着仓库旁边的墙走能在不被发觉的情况下到达仓库。看见丘奇正面对生命威胁。进入仓库后先用火药枪将丘奇前面的看守杀掉，否则一旦惊动他会第一时间解决掉丘奇导致任务失败。消灭掉仓库内的三个敌人后，将丘奇带回旅馆。
经过调整，丘奇的精神状态好了许多。他告诉Kenway之前在一个名叫Silas Thatcher的手里见过类似的图案。离开旅馆找到查理斯，查理斯带Kenway以新兵身份混入了英军营地，在营地中见到了正在大发雷霆的General Braddock和John Pitcairn，Braddock是Kenway曾经非常重要的朋友，但是此时却刻意为难Kenway。于是查理斯想出一个办法，喊Kenway一起跟随Braddock的巡逻队，保持巡逻队在视线范围并且不被发现，被巡逻队注意到的话有15秒的时间掩藏自己的身份。到了合适的地点，查理斯会冲到Braddock面前对他进行嘲讽并且泼他一身脏水，Braddock会带着手下追赶逃跑的查理斯，Kenway也追上去，在查理斯被抓到的地方与巡逻队反生战斗，将巡逻队全灭，与失去反抗能力的Braddock对话，Braddock同意让John Pitcairn协助他们接下来的任务。
在旅馆二楼与查理斯对话进入剧情，Kenway一行人埋伏在街区，等待押送奴隶的队伍出现到他们安排的固定埋伏点开始进攻，全灭敌人。接下来Kenway与印第安美眉两个人驾着囚车前进，敌人头上出现黄色符号的时候就按下LB键就会有潜伏的士兵将他们杀掉。进入营地，先去到营地的右边，利用自身潜行的特点，到最边缘，先使用吹口哨吸引烧饭的士兵过来送死，再吹口哨把巡逻至此的队长杀掉。回到队伍与自己人一起化妆成英军潜入营地，外面的两个奴隶很好救援，只需要躲藏在附近的垃圾车内，吹口哨将巡逻的高级尉官引到垃圾车边等他身上亮光的时候可以直接使用X拖到垃圾车内杀掉。船上的奴隶则需要通过游泳避开巡逻的士兵，然后等船上的士兵分开的时候将看守奴隶的士兵刺杀掉救出奴隶即可。进入正面战斗，开场Kenway需要按住A键拉对方的士兵当挡箭牌挡下火枪的攻击，之后的场地内的敌人无法全部消灭，必须等到空隙利用城门旁边的箱子爬上城墙，将正在指挥战斗的Silas Thatcher击杀。Silas表示与主角无冤无仇，Kenway想了想确实没什么过节，于是转身把Silas交给了差点被他手下玩死的丘奇。查理斯问Kenway接下来的安排，Kenway说“等吧”，却只注视着那位救回来的印第安美眉。
在前一章节中男主角得到了长老的允许，离开部落，去Davenport Homestead寻找一位老人，训练自己的战斗能力。经过长途跋涉来到了Achilles的家门口，却被Achilles拒绝接见，就要下雨了，于是男主角在马厩睡了一晚上，第二天再去敲门，Achilles干脆不理他了，不放弃的主角又去后门敲门，仍被拒绝，气急之下跳到阳台想闯入拜师，被老头一下子撂倒在地。主角不甘心放弃复仇的希望，又回到马厩打算将就一晚。晚上碰到了圣殿骑士的士兵，他们打算趁Achilles在睡觉强行闯入占用庄园。主角与士兵发生冲突，被打倒在地（战斗胜利后剧情也是主角输），在主角被殴打的时候，老人默默地就把多余的士兵都干净利落地掉了。处理完毕尸体，Achilles终于让主角进了家门。Achilles与主角谈论刺客的使命，之后再领着主角来到自己的房间，在那些要除掉的圣殿骑士的最高层领导人，正是主角的父亲Kenway。主角的毅力与决心打动了Achilles，他决定训练他，让他成为一名合格的刺客。
六个月后，老头驾着马车带主角前往波士顿，并且给主角取名Connor。此时的波士顿处于圣殿骑士的统治之下，非常混乱。Achilles让Connor去杂货店购买自己给出的清单上的东西，只需要告诉老板马车的位置就够了，找到杂货店与老板交谈后回去找老头子。此时街上的游/和谐/行活动变得非常剧烈，军队与市民的冲突变得强烈。Achilles带着Connor来到广*场，见到了已经成为圣殿骑士领导人的父亲Kenway，老头子命令Connor追踪刚与Kenway交谈的士兵，如果士兵消失在视野15秒将任务失败，一路都是情绪非常激动的市民，非常好掩饰自己。跟随士兵到了房顶，原来Kenway刚刚下令使用武力镇压示*威活动，刺杀掉下令的士兵，可是却没有料到一切早被Kenway看在眼里，血腥镇*压照常进行，Kenway命令手下将Connor击杀。此时Connor处于会被攻击的三级状态，需要避开所有士兵的视线，躲过一段时间后才会消除。在警报消除后，Connor在城市里寻找Achilles，此时他处于被通缉的状态，被士兵发现仍会被攻击。避开士兵来到之前马车位置，发现Achilles已经离开了，Samuel Adams前来与Connor交谈，他受Achilles委托协助Connor逃离波士顿，全城都有Connor的通缉令，但是在这个人与人之间不存在互相帮助的城市，只要撕掉就没几个人记得住。撕掉两张自己的通缉令后，找到Adams，会介绍认识城市中的传言散播者，以后在非红色区域被攻击都可以通过给钱的方式消除追踪。Adams要求Connor护送自己到绿龙旅馆。旅馆已经被英军封锁，在任意一入口先从高处寻找刺杀点，消灭掉一个再迅速打倒另外一个守卫，之后呼唤Adams进入，在墙壁中找到暗道，在暗道尽头撬开门锁，到达地下通道的一处出口，此后当碰到带有地下通道标识的建筑，便能触摸后选择城市自由来往了。离开地下通道，在打印店找Adams，Adams告诉主角如果被追杀的太紧进入附近的打印店便可大幅度降低曝光程度。最后，Adams将主角带到码头，告诉主角最后一种快速移动的方式--轮船。Connor对Adams所做的一切非常感激。
告别Adams，坐船回到Davenport Homestead，首先要去找老头子算账。Achilles一脸无辜地表示经验比学习重要，这次只是为了给他实践的机会，Connor通过了测试，Achilles将自己曾经作为刺客的装备送给Connor。交谈时有人敲窗求助，与其对话才知道他同伴被水冲走了。追上他，在河边能看见急流中有个人抓着树木被冲走，不远处就是瀑布。Connor利用强大地丛林求生技巧，在树木间穿梭追上流木的速度，木头有两个卡住一小会的地方，一个在半路，另外一个是瀑布前一些的位置，最好不要掉下水，不仅拖速度还会影响成绩。救起村民后，游戏的家园功能开启，以后完成房子图标的任务将增加家园定居者的数量。Achilles告诉Connor已经没有能教他的东西了，离开时对Connor说让他有空就去他的小屋看看他。第二天Achilles又来了（做刺客的老头真是寂寞），带着Connor去找Robert Faulkner，Robert是一位爱自己船如命的酒鬼，却也是一位经验丰富的航海家，因为缺少钱和材料修理自己的爱船而离开大海。Achilles会交给Connor如何进行资源交易。几个月后，Robert的船在Connor的帮助下终于修好了，但是还缺少了武装。于是一行人驾着修好的Aquila号前去Marthas Vineyard购置武器，沿路Robert会教主角驾驶船只。Robert在酒馆和老朋友们聊天的时候，Connor找到圣殿骑士的长官问查理斯的下落，眼看冲突在即，酒馆老板娘出面化解，让Robert一行离开。装备了武器后，Connor将学习海战技巧（按住LT，转动左摇杆锁定目标后松开为旋转炮攻击，按住RT，转动摇杆锁定目标后松开为加农炮攻击，前者对小船只有明显效果，后者一般用于大船。当敌方船只发射炮弹的时候，按下X键可避免对船上人员的伤害）。学习完毕后，一行人开着Aquila号开开心心地找圣殿骑士的船出气（.......）使用旋转炮消灭两艘船，并且以娱乐的心态（......）躲过对方三次炮弹的冲击后，任务顺利完成。一行人回到家园的码头，Robert表示非常开心，随时欢迎Connor再来他的船上一起航行。回到Achilles的住处，Achilles因为Connor的不辞而别感到伤心，Achilles一边舍不得，一边却很欣慰Connor的成长。把那套刺客信条的标志性衣服送给了Connor，并且宣布Connor是兄弟会的正式成员。
时空转回现代，机器没电了，刚醒来的Desmond就被安排去曼哈顿取能量块，正被Connor故事吸引的Desmond干脆地接受了任务。前往曼哈顿，使用攀登的技巧借助大楼外围的建筑材料爬到能跳到目标地点的高台。每段路对应一个自动存档点，前两段路通过跳跃钢块，房间外围和穿过圆环钢圈即可通过，最后的一段路需要先跳到大楼外部，再从外部翻到另外一侧靠近塔的地方，爬上塔的最高处，往外围走，看到直升机停降的平台后触发剧情。加速向平台方向跳跃，等到女配角喊命令的时候按下X键打开降落伞。进入大楼取得能量，遇见Danniel Cross，剧情把他打晕，与其他人一起返回遗迹，重新开启机器，继续接下来的故事。
Sequence 6
时间来到1773年，Connor已经长大成人，与Achilles的感情也深厚了许多。Connor童年好友前来拜访，但是带来的并不是好消息，William Johnson打算把他们部落的土地收购，并且全然不顾部落的反对。Connor非常愤怒，Achilles建议他先去波士顿找Adams，再决定之后的行动。
(Connor都敢凶Achilles了，在加上Achilles的吐槽，真像一对闹别扭的父子）
坐船来到波士顿，在码头遇见Adams。Connor寻求Adams帮助找到William Johnson的位置，跟随他前进，可以看见收税员与市民的矛盾愈发激烈。帮助第一个市民打到收税员，市民表示感谢后离开，波士顿城内可以找到三个被收税员围殴的市民。解救后在酒馆找到Adams，之前被救的市民正是酒馆的老板。Adams另外介绍了一位优秀的企业家William Molineux和酒馆老板Stephane Chapheau。Molineux告诉Connor，Johnson在皇室的默许下进行走私生意，最近走私了一批茶叶正打算卖给他。这正是个好机会，Connor走出酒馆，撞到一个搬运箱子的年轻人，搬运的正是走私的茶叶，年轻人被吓跑了。Connor前往码头红色区域，在前往红色区域的途中能遇见第二个走私者，撞他把茶叶撞洒一地即可。潜入码头，将码头的两个走私货品堆炸毁，每个货品堆旁边有两个守卫，再炸毁走私船上的三个货箱，安装炸药10秒后爆炸，需离开一定距离。离开码头回到酒馆路上能遇见第三个走私者，同样手段将其计划破坏。
回到酒馆，老板因为收税官一次又一次地收税和暴力执法，终于暴走了。拿起菜刀就走向门外，Connor赶紧跟上去。只见Stephane走出酒馆就向着英军守卫挑衅，守卫对其出手，Connor帮助Stephane打倒守卫，Stephane充满激情的表演感染了周围的人，所有他经过地方的人会自发跟着Stephane前进，发起游*行，为Connor很好的制造了混乱。Stephane看到英军守卫就会冲过去挑衅，需要Connor在15秒内结束战斗（四人守卫战需要在Stephane对守卫进行嘲讽的时候跳到屋顶等战斗开始时先将最能打的士兵秒杀掉才能控制住时间，和他单挑用的时间都不止15秒，或者先用火药枪秒杀他，不过笔者的火药枪留给其他守卫以节省时间）见到收税官在敲诈小商贩后，与Stephane对话可以开启援助攻击，使用Stephane的援助攻击把收税官砍死后，Stephane对Connor表示感谢并且愿意追随Connor。
在街上遇到Molineux，Molineux告诉Connor，Johnson仍不死心，并且把剩余的货物都堆积在了船上。见到Adams，Connor想杀掉Johnson，Adams建议Connor断掉他的财路就行，不需要杀掉Johnson。Connor勉强接受了建议，晚上一行人潜入码头，发现守卫更多了。Connor有了Stephane的援助攻击，配合自己优秀的暗杀与格斗技巧，很轻松将两艘船上的守卫全部清理完毕。在Molineux的带领下大家开始往水里扔走私货物，Molineux等人的行为得到了市民的支持，却遭到了英军的攻击，Molineux与Paul掩护剩余成员销毁走私品。Connor往水里扔了15箱茶叶后开始帮助Molineux与Paul对抗英军，最后船上的走私茶叶全部被丢入大海，并且，留了最后一箱茶叶给Connor，当着Johnson的面丢进水里。Johnson脸色非常难看，同样脸色非常难看的还有随行前来的查理斯。
返回家园，Achilles告诉Connor如果不杀掉Johnson，这一切绝对不会结束。事实证明，不听老人言吃亏在眼前，六个月后，Connor童年好友又来了，主角被告之这次Johnson在强占他们的土地。Connor决定这次一定要除掉Johnson,童年伙伴带着Connor来到Johnson Hall。游到对岸，再找岩石攀登到山顶，可以看见Johnson正在威胁另外一个部落，战斗一触即发，主角出场救下了被枪指着的印第安人，印第安人与英军产生混战，Johnson企图趁现在往山下逃跑，被Connor追上一匕首刺入胸膛（这是剧情，至于是用枪还是用刀或者斧头随玩家爱好）。Jahnson死前告诉Connor他希望殖民者在侵蚀完全部大陆后，能变得友善，能不再与原住民发生冲突，相信时间会冲淡一切，最后两个群体和平共处在没有仇恨的新世界里。他做的一切错事都是因为他的信仰，扭曲的信仰。
