Sequence 1 剧情视屏
前情提要中文字幕版
玩家/Desmond进入Ezio的一段记忆(Sequence 9)，但内容异常混乱。接下来，Ezio的记忆跳回1499年12月的梵蒂冈(《刺客信条2》的尾声)，与「女神」Minerva于西斯汀教堂地窖的相遇。 Minerva留下了谜语般的一句话「接下来靠你了...Desmond」后便消失无踪，满腹狐疑的Ezio步出地窖，发现先前倒地的教宗亚历山大六世/Rodrigo Borgia已逃之夭夭，他的权杖也自动封入地底。
这时Ezio的叔叔Mario正好赶来，待Ezio爬出地窖(按住Y键不放打开Eagle Vision可看到攀爬点)后，两人一同离开梵蒂冈。来到河畔，Ezio不知是否该把依甸残片之一的苹果丢入河里，犹豫许久后，Mario要Ezio先把苹果交给他，之后再处理。
两人回到Monteriggioni庄园(二代的基地)，受到众人的欢迎。 Ezio的妹妹Claudia出来迎接，并问起敌人的状况，Ezio要她召集阿萨辛的成员在今晚会面。玩家在Monteriggioni庄园里跟随地图上代表任务的惊叹号与导航点完成三个简单的事件(拾取东西并跟随NPC/骑马/使用大炮)、熟悉游戏的流程后，就能回到别墅门口，与Caterina Sponosa碰面并与阿萨辛同志会谈。
然而，会谈中众人对于Ezio留了Rodrigo Borgia一命皆感惊讶，马基维利(Niccolo Machiavelli)认为Ezio此举后患无穷，还因此而气冲冲地离去。
回到卧房，Ezio与Caterina一夜春宵，醒来时却发现庄园遭人突袭。 Ezio套上外衣就赶紧从炮击留下的缺口一跃而出，发现整座城池遭到Borgia一族的猛烈攻击。 Mario叔叔率兵从正门迎敌，Ezio则骑马朝城墙赶去，操作大炮阻挡敌人攻势、为镇民争取避难的时间。
