20年前，战争席卷了整个巴尔美基亚大陆（バルメキア），位于大陆东方的强大军事国家狄斯特尼亚帝国（デストニア），从中独立出阿斯皮尼亚共和国（アスピニア）。
经过10年岁月，在西方小国安利基（エンリッチ），出现了过去曾以恐怖支配世界的古代超人类“休多鲁”（ヒュ－ドル）。居住在安利基的一名幼小的男孩，其父亲亦被那休多鲁所杀，他则被父亲的佣兵朋友收养。之后，佣兵亚瑟（ア－サ－）的活跃而解决了休多鲁事件（祥见《Shining the HolyArk》）。
又过了10年，大陆东端的帝国与共和国之间再度出现昏暗的黑云。乘共和国疲惫于饥谨与内乱之际，帝国占领了巴兰多（バ－ランド）。为了避免全面战争的展开，两国在拥有高度科技的中立国萨拉班多（サラバンド）召开和平会议。但是，却发生了帝国皇帝被绑架事件。辛比奥斯（シンビオス）军保护着被诬陷的阿斯皮尼亚共和国国王贝内特雷姆（ベネトレイム）回自己的国家，米狄奥（メディオン）军则追寻父王的足迹。在众人开始旅行之际，有一佣兵出现在这东之地，并在平原上加入辛比奥斯军，佣兵的名字叫朱利安（ジュリアン）。为了替父报仇，从遥远西方而来的朱利安与辛比奥斯军共同行动之时，其杀父仇人、最强的休多鲁加尔姆（ガルム）出现在他的面前，因实力相差悬殊，朱利安被打落激流中。此时，一直在暗中作祟的邪教布尔扎姆（ブルザム）的祭司，破坏了从负之力中守护共和国及帝国的守护像。另一方面，几次与辛比奥斯军共同对抗强敌、并结下深厚友情的米狄奥军，也因此赶往圣地。途中，从河岸边清醒过来的朱利安又加入米狄奥军，并了解到圣地已被邪教攻陷。长居在圣地、继承正之超人类伊诺贝达（イノベ－タ）血统的神子古拉西亚（グラシア）以及休多鲁所畏惧的武器贝塞姆之杖险些落入邪教祭司和皇帝直属暗杀部队“近卫杀手”的手中，米狄奥军救出古拉西亚后乘船脱离。西盖特号（シ－ゲイト号）的舰长雷利安斯将军（レリアンス），认为绑架皇帝的真犯人乃第2王子与和平会议的提倡者古拉比（グラビ－）总督，为此米狄奥军向着正往共和国移动的海上都市萨拉班多进发。
但是，此时另有一艘帝国战舰接近，搭乘者乃第1王子的军师布雷斯比（ブレスビィ），前来告知帝国首都遭到古代浮游兵器的袭击。朱利安的本来目的便是追击休多鲁，为此他告别了好友米狄奥，与神子古拉西亚、圣骑士顿荷特（ドンホ－ト）一同前往帝国首都……
第一章 帝国首都夺还作战
帝国战舰弗拉古西普号（フラグシップ）载着朱利安等人赶往帝国首都狄斯特尼亚（デストニア），同行的有神子古拉西亚、老骑士顿荷特、弓箭手凯特（ケイト）以及军师布雷斯比。SCENARIO 2第二章反叛者们的策略中，如果杀死丝忒拉，则本篇一开始共和国的叛将埃丘亚鲁将军（エキュアル）仲间；反之，将在之后的战斗中可以令丝忒拉的丈夫普洛方德将军（プロフォンド）加入。因为笔者沿用了前两章的记录，所以埃丘亚鲁将军是不能加入的。众人正在商讨这段时间发生的的种种事件，却因邪教僧的来袭而不得不告一段落。
战役1
作为本篇的第一场战役，却很难对其难易度下定义。由于可以继承前两个剧本资料的关系，笔者的记录中朱利安与顿荷特均有很高的等级，而对于没有继承资料直接开始第三剧本的玩友来说，或许比较难一些；但是相对的，进入第六章时，没有继承资料的玩友便会很“幸福”，因为两次转职的关系，其等级必定比前两位主角要高；而继承资料并用金手指将辛比奥斯军、米狄奥军修改成超强部队的朋友们，可要大吃后悔药喽！至于朱利安、顿荷特以外的角色，加入时均已转职一次，要待第五章举行传承仪式（イボリュ－ション）后，角色的等级达到LV20方可进行第2次转职。且说这场战役，我方可派朱利安与顿荷特堵住左边通道，让凯特与古拉西亚在后面作援护攻击。要注意敌方的飞马邪教僧，因其移动力高，小心别让其绕到我军背后。在前两个剧本中，主角一般是敌人首要攻击目标，在本篇中盖因古拉西亚亦是与主角同等重要的人物，故亦是敌人首要攻击目标之一。所以，在今后的战斗中要注意古拉西亚的摆位，免得导致GAME OVER。
战斗结束后，众人回船舱内休息。朱利安独自一人溜达，SAVE、采购、搜刮之后回军营与队员交谈，而后出得军营得知已经抵达帝国首都狄斯特尼亚。
战役2
按照惯例（？）又是港口货物堆放码头的战斗，敌人依然是邪教假面僧。所不同的是，今次那些假面僧站在货物堆上，而我军是无法爬上去的，只能把敌人一个个引诱下来。在打倒BOSS之前，别忘了把地图内的木桶全都破坏掉，看看里面有些什么宝贝。
消灭了假面僧后，众人行至狄斯特尼亚港町。照例大肆搜刮一番，在酒场屋后的宝箱中有帝都遗迹的地图，还可以参观一下米狄奥王子的母亲家，并得知美玲达（メリンダ）原来有一恋人，但当她在造船厂劳动时被皇帝看中并带入宫中后，其恋人就跳海自尽了。不知各位是否还记得在前两个剧本中曾有位洗衣服的骑士亚瑟（ア－サ－，此亚瑟与《Shining the HolyArk》的主角亚瑟完全没有关系，只是同名而已。）？据说十几年前他被海水冲到萨拉班多附近的岸上，但却丧失了记忆，难不成……？！与制炼所内一老人交谈，他便会释放关在里面的三个狄斯特尼亚士兵，便可入内取得宝物“加速靴”。考虑到下一场战斗的关系，还是不要释放这三个士兵为好，“加速靴”则等解放帝都后再来拿也不迟。最后至教堂，其神甫斯卡拉（スカラ－）乃反帝国活动组织的首领，虽然是反对帝国的暴政，但斯卡拉亦不愿眼看着自己的国家被邪教占领。闻知朱利安他们要去对抗邪教僧，躲在教堂里的公主伊莎贝拉（イザベラ）与其侍女布丽吉特（ブリジット）加入队伍中。伊莎贝拉公主的母亲曾是修女，亲生母亲死后就由米狄奥的母亲美玲达抚养大，因此十分担心在帝都内美玲达的安危。（如果队伍中有埃丘亚鲁将军的话，伊莎贝拉公主要在第三章方能加入。）
战役3
出得港町，遥遥望见天空中突现一只巨大的蘑菇、不，应该是古代浮游兵器“女武神”！接着又是一群假面僧拦住去路。正当众人不知该如何是好时，忽然传来一神秘的声音，提示众人可以躲在岩石后面来躲避女武神的攻击。如果先前在制炼所内救出三个士兵，他们便会在这场战役中出战，但是无法解救他们。我军可借助岩石及地坑来前进以避开女武神的雷击，而在消灭BOSS之前，别忘了去遗迹夺宝。进遗迹的人选可让顿荷特与布丽吉特担当，顿荷特直接去拦截盗贼，而布丽吉特则去取左下角的宝物。
战役4
穿越山丘后，朱利安军及时赶到帝都前，却见城门紧闭，布尔扎姆教的祭司高利亚德（ゴリアテ）正站在女武神上骂阵，而城头上的第1王子马杰斯提（マジェスティ）则有些害怕，竟想弃城而逃，奉皇帝之命留守帝都的斯提路将军（スティル）却想将他一同拉下水。双方闹得不可开交之时，朱利安军替他们解了围，一场恶战再度展开。女武神的攻击范围相当广泛，我军只能借助城壁的遮挡而逐步前进。该战役胜利条件是击败高利亚德祭司，至于制止操纵女武神的负之力之杖，只有古拉西亚的魔法“SHINING”才有用，但是“SHINING”会耗尽所剩的MP，因此还是直接攻击高利亚德比较好。
击倒高利亚德后，神秘声音的主人、曾在SCENARIO 2中出现的少女简（ジェ－ン）再度现身，并恳求众人能够放过高利亚德。再次卖个人情给她，而后古拉西亚以贝塞姆杖之力切断负之力之杖，失去制御的女武神飞回布尔扎姆神殿。危机过后，马杰斯提王子与斯提路将军立刻又神气起来，斯提路将军还拒绝让朱利安军进城并指责伊莎贝拉公主与神子古拉西亚为伍、乃背叛皇帝的行为。至于马杰斯提王子，完全没有自我判断能力，由得斯提路将军说了算。军师布雷斯比也因此而完全看透了帝国的黑暗，并对马杰斯提王子丧失了信心，决定与朱利安军一同去旅行。（关于神秘少女简，记得在SCENARIO 1中古拉比总督过去的领主馆内书架上曾有本日记，内容是古拉比发现自己的妻子具有“某种”特殊的血统，而因此将自己的女儿送给了布尔扎姆教。这其中不知是否有关联？）
第二章 马杰斯提的背叛
回到狄斯特尼亚港町，却得知马杰斯提王子已派兵包围此地，欲捉拿神子古拉西亚。整理行装后，至教堂找神甫斯卡拉，他打开教堂内的地下道入口，让朱利安军穿越古代大洞穴逃走。龙人柯克洛普斯（ケクロプス）加入队伍，并替众人引路。柯克洛普斯的能力是与龙交谈，以后在战场上遇到龙时，可以让他上前击倒该龙，便能令其仲间。最多可以召8只龙加入，但是只能出战1只。
战役5
这场战役有四个要点需注意，一是海中埋伏着食人鱼，只要走到一定地方就会出现，且其“素早”高，较难击中它；另一个是有些木桥会断开，需要绕道行走，千万不要因此而让队伍分散；最后，敌人擅长毒攻击，记得要带些解毒草。该版的宝箱中可以拿到神龙遗迹的地图，千万不要遗漏掉了。打倒BOSS恶灵后，却因它撞落了岩石而堵住了左边的出口，导致朱利安军不得不冒险穿越龙的墓地。
