告别了族长，众人离开法伊斯特村，穿过山脉洞窟，再次来到安利基王宫的城下町。从城中的水井进入地下迷宫，至东北方木桥的尽头，小茜施展法术，唤出小舟，众人渡水至王宫的地下水路。穿过地下水路，通道尽头的升降梯将亚瑟一行五人带至王座前，引面便遇上了莉莉克斯！莉莉克斯赞扬主角，居然亲自将御剑送上门来，并让附身于国王和法尔迪身上的恶灵攻击众人。和这两个恶灵战斗时，唯一要注意的是不能浪费过多的MP！基本上只要用普通攻击就可以解决他们了。恶灵的失败令莉莉克斯十分生气，她正想以国王和法尔迪的生命来要挟亚瑟时，贤者萨巴特出现在众人面前，并要主角使用御剑的力量。亚瑟挥舞起御剑，令恶灵离开了国王和法尔迪的躯体。莉莉克斯脑羞成怒，率领两个恶灵向众人发起猛烈的攻势。面对强敌，首先要不断地使用提高防御力和防魔力的法术，因为此类魔法效果会积累，故可以一直加到不能再提高为止。两旁的恶灵依然没有什么变化，但是莉莉克斯本人异常凶悍，其魔法和物理攻击的杀伤力十分强劲，而且专门盯住实力最差的美洛蒂下手，需特别注意。千辛万苦总算是击败了魔女莉莉克斯，此时磐挲突然出现，前来援助。莉莉克斯却不满地问他：“为什么不见了艾丽珊（エリ－ゼ）？”磐挲环顾四周，回答他也不知道。“难道这小丫头背叛我了吗？”莉莉克斯自言自语，随后便与磐挲一同消失了。贤者萨巴特再度现身，让众人先去休息一晚。
笠日，亚瑟一行人去见国王。国王向众人表示感谢，并要亚瑟继续去找其余的两件神器。此时，法尔迪总算是又回到了冒险的队伍中，只不过他的LV实在是太低了，唯有弃之不用。一切准备就绪后，亚瑟往西方祠堂（西のほこら）进发。西方祠堂显然是座水中神殿，上下楼是借助于水中的移石。有些地方要靠海龟来运送主角过去，但是想要海龟卖力，必须先用食物来喂它。神殿中有些墙壁上有朽木的痕迹，可用快跑来撞开。其中一堵墙撞开后，可以获得“真实的瞳”。乘上底楼的海龟穿越洞门至洞窟的另一边的石台，在墙上可以发现两张字条，上面写着：“真实的瞳能反映出正确的道路。”“真实的眼睛在左边。”走到石台的左边，可以隐约看到对岸有木桥。此时使用“真实的瞳”，水中立刻会浮现出木桥，令众人抵达对岸。亚瑟刚踏上对岸，身后立刻出现一巨大的水怪，将木桥破坏。比起莉莉克斯，这个BOSS显得要弱一些。将之击败后，石墙后面突然有人叫主角的名字！打破石墙，站立在众人面前的居然是加尔姆和莉莎！加尔姆说他早已等候众人多时了，现在看来亚瑟他们确实有资格取得三神器，故将“御镜”交给主角。除此之外，加尔姆还让莉莎帮助亚瑟他们，因为他已经吸了莉莎的血，这位高傲的异国公主只有乖乖听话的份。
众人出得西方祠堂，继续攻打东方祠堂（东のほこら）。东方祠堂座造在一棵参天古树上的神殿，一共有四层楼。在神殿的宝箱内会捡到四件水晶道具，将这些物品放置在相应的神像上，即可令二楼的水池中注满生命之水。道具的摆放位置：刻有“王道そさが 学问の道 たゆまず 步き续けるべじ”字迹的神像，安置“水晶の杖”；刻有“艺术は良き道具より良き目”字迹的神像，安置“水晶の瞳”；刻有“裁きは公正であれ”字迹的神像，安置“水晶のてんびん”；刻有“战は胜っことより负けぬこと”字迹的神像，安置“水晶の盾”。然后至三楼，用快跑穿越一些需要用开关开启的门。最后面临的一道难关是：一扇移动石门和其开关中间有一个转盘，而转盘的左面有一个窟窿，当亚瑟踏上这个转盘，便会被转到窟窿处，一旦掉下去便是落在了二楼。通过的方法是先踩下开关，然后前进至转盘，此时按住B键和→键，便是往右面横移。顺利地通过石门后，在里面的宝箱中取得“水晶的水瓶”（水晶の水がめ），至二楼用水瓶舀满生命之水，再行至四楼将生命之水浇在枯死的植物上。太好了，现在可以利用这植物攀沿到树顶了！哈哈哈，我真是天才！居然想到可以横移……咦？怎么那植物变得这么大了呢？哇！原来被我救活的植物竟然是个BOSS！我怎么会蠢到去救敌人了呢？！没法子，只有背水一战了！因为植物除了本体外还有四个触手，所以尽量使用攻击敌全体的魔法。反正现在人多势众，除了巴恩不会法术之外，攻击魔法有亚瑟、罗狄、美洛蒂和法尔迪，回复魔法有亚瑟、美洛蒂、小茜和莉莎，三线上人才济济，不愁无法制服那个恩将仇报的植物。
亚瑟成功地取得了三神器，回到王宫。国王和贤者非常高兴，萨巴特又告诉亚瑟，在王宫的一间屋子里墙上绘有关于古代王国、圣舟及传承的壁画，而且正墙上的镜子里映出一座神秘的塔，据说获得三神器后，便可进入那座塔中。国王又说，魔女莉莉克斯在矿山中布下结界，不知在干什么勾当，希望主角能够到那里去看看。其实，现在前往矿山是不会有什么收获的，不如尽快前往画中塔吧！亚瑟来到萨巴特所说的那间部屋，在居中的画像前使用三神器，一道闪光后，众人发现已身处异地。画像中的那座塔就在众人眼前，但是却无法入内，还是先到蜃气楼村打探一下吧！亚瑟从村民们口中得知，千年前的大战中大神官施法带领一部份人逃至这个时空的夹缝中，建立了这个村庄；这两天，大神官说是继承了“灵魂”的人类将会来此，所以他前往魔导塔（まどろみの塔）准备传承仪式（イボリュ－ション仪式）。众人在村庄中稍事休息之后，寻找进入魔导塔的方法。
在魔导塔塔前，道路呈“申”字形，每个支点上安置着一块绿色的石板，只要仔细阅读一下石板上所写的话，谜题便迎刃而解了！魔导塔在南方，蜃气楼村在北方。让塔位于亚瑟的左手位置，由西向东走过居中的石板；让塔位于亚瑟右手位置，由北向南走过东方的石板；让塔位于亚瑟右手位置，由南向北走过西方的石板；最后正面对着塔，由北向南走过南方的石板，便可进入塔中。魔导塔的第一层有许多流沙地，可以用开关改变这些流沙的流向，从而得以通过；二楼没有什么机关，并且会取得“月亮的碎片”（月のかけら）；三楼的通道中央有不少转盘，不过亚瑟站在转盘上仍可以自己选择前进的方向，所以这种转盘并没有起到什么阻碍的作用；四楼有许多门需要踩地上的开关方能开启，一旦放开这些开关，门又会关上，因此要多加善用快跑的技术（不少门后面有陷阱，快跑时要小心不要跑过了头，落入陷阱中。）；五楼地上的月亮圆盘上使用月亮的碎片，可以令天花板降下来，得以登上六楼；六楼获得“太阳的碎片”（太阳のかけら），回到二楼对太阳圆盘使用，可以令二楼的流水退去，利用扭曲的通道到达六楼；原先六楼有石墙堵住去路的地方如今可以通过了，在这里消灭掉BOSS黄金武士后，传送至七楼。大神官就在七楼静候着亚瑟的到来，他让继承了“灵魂”的三人走上前，然后告之有关“灵魂”的传说：“灵魂”有阳的イノベ－タ和阴的ヒュ－ドル两面，是善与恶混合的力量之源，乃创造主审查人类繁荣资格的道具。千年以前，继承了“灵魂”的人类，被力量所迷惑，形成了阴的ヒュ－ドル，邪恶之门被打开了。如今，ヒュ－ドル恶意的波动再度显现，还攻击了圣舟，使得原本应在圣棺前举行的传承仪式，不得不在此地举行。说完，大神官为亚瑟、罗狄、美洛蒂三人举行了传承仪式，亚瑟获得了传说中的魔法インフェルノ。“你们必须尽快地前往神圣山脉（ゴッドマウンテン），找回圣棺！”大神官道。
众人告别了大神官，走出塔后发现前方出现回到原来世界的传送点。回到安利基王宫，去见国王。国王睁大了眼睛仔细地打量着亚瑟：“是不是我眼花了？总觉得……你似乎和以前不大一样呢！”不管亚瑟回答“是”或“不是”，都不会有什么区别。接着贤者萨巴特又催促主角不要再到处闲逛，还是快去魔导塔吧！亚瑟回答：“已经不需要再去那里了！”（选择“いいえ”）这时，国王和萨巴特方醒悟过来，原来亚瑟他们已经从魔导塔回来了！离开王城，作好最后的准备后，向迪扎亚矿山进发。
如今的矿山又有了新的通道，只不过有莉莉克斯的结界封住入口。在结界前，亚瑟使用インフェルノ破除结界，众人得以入内。迷宫的地形并不太复杂，其中有些地方要搭乘矿山车通过，有时还要找到扳道器将轨道切换。最后，矿山车将亚瑟一行人带到了神圣山脉！（也就是游戏开始时，亚瑟处于生死边缘时身处的神殿。）来到山顶，看到正中央的巨大黄金圣棺，圣棺前燃烧着三堆火，磐挲正对着火堆念着咒语。亚瑟刚想上前阻止磐挲，莉莉克斯突然出现，拦住去路！对于上次的失败，莉莉克斯仍耿耿于怀，她表示这一次不会再放过亚瑟并打算制造两个分身来对付主角。就在这时，艾丽珊（エリ－ゼ，莉莉克斯的妹妹，但看上去却象是她的孙女，即王城酒吧门口遇见的那个女孩。）出现，她替莉莉克斯制造出两个黄金武士助阵。和莉莉克斯决战时，千万不要以为这就是最终战役而将贵重的道具全部用完。当打败了魔女莉莉克斯后，磐挲的咒语也念完了，圣棺终于被打开！此时，加尔姆亦赶到山顶，但是没能阻止磐挲吸收ヒュ－ドル的力量，变身成为怪物。磐挲会召唤两个十分强劲的怪物前来助阵，而且他本人还会使用强大的魔法，因此这场决斗非常艰难。首先让亚瑟、罗狄和法尔迪使用四级雷击魔法攻击敌全体，让可以使用全员全部HP回复魔法的小茜负责回复。因为敌人会使用攻击全员的必死魔法，所以千万不要让美洛蒂和小茜同时出场，否则这两人若不幸战死，懂得复活魔法的角色就只有亚瑟一人了！一番激烈的战斗之后，正义终于战胜邪恶，亚瑟和他的伙伴们击败了磐挲，保住了圣棺。战斗结束后，两个“灵魂”从他们的宿主身上脱离出来，说是使命已经完成，他们要带圣棺返回圣舟。至于另外一个“灵魂”将继续留在宿主的体内，为创造主审视着这个世界。而艾丽珊亦和加尔姆满意地离开，原来她与加尔姆是一对恋人（美女和野兽？），对于莉莉克斯那种激进的做法，她一直都不赞同，如今了解了“灵魂”存在的原因后，他们俩的目的也达成了。
