大家想起用项链开的门上的纹章在未来世界也见过，于是克罗诺等又前往A.D.2300年。
通过地下水道迹，三人到了监视者之半球体，打开里面的纹章之门，就可以找到魔法王国三贤者之一的理之贤者嘉修的遗物——时之翼，就是一种时间飞船，它能来往于各个时间。现在可以打开封印的宝箱了。
乘座时间机器又回到了古文明时期，这时天之道已然封闭，大家前往北部的古代先民的洞穴。从洞中的先住民处了解到魔法王国的命之贤者由于反对女王建造海底神殿的计划，而被关在了漂浮在空中的悲伤之山上，克罗诺认为应该去救贤者。三人来到底层的洞穴中，经历几次战斗后，与老巢中的魔族交战，敌人除了单体攻击外没什么厉害的。
顺着铁链上了叹息之山，一直向上爬吧。到了山顶，只见一块水晶在一个平台上，水晶中似乎有人，正待上前，水晶消失了，出现了守护神，战斗有开始了。这个守护神很厉害，“两腕攻击”十分恐怖，建议用克罗诺、艾拉和青蛙三人，让克罗诺用“全力斩”攻击，其他两人用二人技作全体回复，先打掉它的左手(右边那只)，这样它就不能进行回复，也不能用“两腕攻击”了，然后抓紧时间进攻头部，因为手还会再生。好不容易消灭它了，命之贤者被救了出来，令大家目瞪口呆的是，命之贤者竟是博修!博修却不认识克罗诺等人。据博修说，由于魔神拉沃斯的影响，女王的正义之心消失了……正在这时，发生了山崩，原来博修的封印被解除，山已不具备浮在空中的魔力，落下去了。
大家总算脱险了，一起来到洞中。一会儿，萨拉带着嘉基来了，她也反对海底神殿计划，并请博修回王宫，正说着，王国的达尔顿出现，抓走了萨拉。博修请克罗诺将魔神器破坏，从而使女王恢复正义，并给了克罗诺一把刀。克罗诺出发了。
来到魔法王国的王宫要与达尔顿打一仗，这个家伙不堪一击，逃到了海底神殿，克罗诺追了下去。
在神殿中有三种小精灵，按颜色分是天、水、火，只有用相应的魔法攻击才特别有效，所以要带上相应的伙伴。神殿的道路和机关都很麻烦，耐心地寻找路吧，别忘了墙边的门啊。
又找到达尔顿了，他这回召唤了两只格莱姆。还是老办法，用全体水或火技攻击是很有效的。胜利后达尔顿又逃了，再向里走，可以看见吉尔女王和一干人正在魔神器前。眼看魔神器即将启动，克罗诺将博修的刀插了上去，魔神器化作一片白光消失了。过后，魔神拉沃斯出现在大家眼前，面对这强大的力量，克罗诺等终于不支而倒下了。这时，王国的预言者来了，他脱去外袍，原来预言者竟是魔王!魔王为了打倒它而化装成预言者等待机会，然而，魔王也不是拉沃斯的对手。世界就要被毁灭了，在这千均一发之迹，克罗诺挺身而出，用自已的生命减弱了拉沃斯的威力，但即使这样，魔法王国及其文明都从此消失了。
大家都落在了地面上，地之先民救了他们，但克罗诺……
调整好人员(建议带上艾拉，原因以后再说)，来到残存村落的广场。正在与长老谈话时，达尔顿忽然来了(怎么这个人渣还没死!)，他自称为新王，又使用卑鄙手段打倒并抓住了三人。
醒来后，大家发现自已在一个铁房间里，爬上楼梯往外一看，才明白原来这里是黑鸟号，回到房间，可以用装病法或在房间左上方按A跳出从而逃离，由于持物、装备和钱都被没收了，必须找回来。(如果有艾拉，则没找到她的装备也能战斗)另外，在楼上(暂且这么说)的通气孔上按A可以向下窥视。找到装备后，到飞机的左翼，在左下方会遇到一个“大型格莱姆”，其实是个光说不练的家伙，别为它浪费MP了，随便打吧。
这时，达尔顿已将时间飞船装好了机翼，开始试飞。三人发现后，跳上去与之战斗，达尔顿很快被打败，落了个自作自受的下场。三人占领了飞船，按下绿钮(Y键?)发射激光，黑鸟号被击落了。从此，可以把飞船当飞机用了。
回到残存的村，据广场的人说的，带上青蛙，前往西北的北之岬。在那里找到了魔王，他告诉大家魔法王国的一些事。原来时、命、理三贤者由于反对女王被送往各个时代，嘉基也被送往中世，魔王就是嘉基!他本想用时空门改变历史，但结果……告诉大家一切后，可以选择是否要与魔王战斗，应该选“不”，这样，魔王就能成为伙伴;如果选“はい”，则由青蛙与魔王单挑，获胜后只能得一枚萨拉的护身符，所以还是选“不”较好。
大家登上了时间机器，看到海中的神殿升了起来，成为叫做“黑梦”的飞船。现在可以到黑梦中去战斗，但为了完美的结局，还是去时光终点吧。
终点的老人其实就是时之贤者，他给了大家时之卵，这是使克罗诺复活的必要宝物。经过打听，了解到使克罗诺复活还需他的人偶，这个东西在千年庆典的会场有。
到了千年庆典会场，先通过游戏攒45个筹码(有时会调价)，再到喷泉右方的鬼屋，就能见到人偶，然后跟着人偶作动作，L、R分别为举左右手，A为吃惊，Y为笑，如果能准确地跟上动作，鬼屋主人就会把人偶送到克罗诺家去(SPG?)。去克罗诺家取得人偶后，要到未来世界登上具有使人起死回生能力的死山，它在地下水道迹的出口附近。
刚上山，就由于风太大而被刮下来，只好去边上的监视者的圆顶屋询问。到了拿时间飞船的房间的门口，努会给大家三个人偶。这时再去爬山，在路上遇到第一个人偶，它告诉大家风大时站在树后，风小时再爬。
再向上，就没有风了。这里的敌人用火系的技攻击效果很好。遇上像小号拉沃斯的敌人，千万别攻击它背部，那会受到惨重反击的，只要用单体攻击打它的头部就行了。其中有一个小拉沃斯被击溃后会留下硬壳，要推动并借用它爬山。
还有的就是注意雪地上有一个发光物，那是开机关用的。终于到了山顶，取出时之卵，注入魔力，日蚀开始了，大家又回到了克罗诺将死的一刻，这时用人偶换下真人，回到死山，克罗诺复活了!
打点好一切，装备好防止异常状态的护具，大家前往黑梦。到现在，玩家应能从容应付里面的敌人了。要提的是变身后的女王，别攻击她的双手，只要用单体攻击打她的头部。最后女王被打倒，黑梦也像虚幻的梦一样消失了。
终于直面拉沃斯了，它一开始用模拟攻击，这对于现在的主人公们来说已不足为虑。之后拉沃斯恢复本性，使用自已的独门绝技，但也不难对付。
胜利后，拉沃斯的头部消失了，大家进入了它的体内。
最后的决斗来临了，选择合适的伙伴很重要，应该具备以下几点：①超大威力的单体物理攻击;②大威力的全体攻击;③有效的全体回复(最好连同状态一起回复)。建议用1.克罗诺或魔王、2.青蛙、3.玛尔或艾拉。首先与中央控制装置作战，开始最好先用道具加强自己的魔法和物理防御力。然后用大威力的全体攻击消灭其右手(左边那只)，这样敌人就不能用威力最大的“双手攻击，破坏之扉打开”了。然后集中攻击尽快消灭左手，因为它只有一只手时会用“守封”使一人的状态防御失效，这样就有中混乱等状态失常的危险。消灭双手后，应该能轻松一些，但也要及时回复。
