chapter.3 故乡-母亲的遗书以及身世之谜
穿过纳普加纳密林，主角回到了自己的故乡。看到大家平安无事，主角心里也松了一口气。和村人对话之后，感觉大家都怪怪的。回到自己家中，妈妈刚说已经准备好了饭菜，却突然不认识主角了。主角说明自己身份，妈妈却说自己的孩子今年才6岁……
来到村子南边的树下，见到了6岁的艾玛。艾玛的头巾再一次被风刮到了树上，主角帮艾玛取回了头巾，艾玛便带主角去见自己的青梅竹马——10年前的主角。
在河边，主角的爷爷正在带着10年前的主角钓鱼。见到来自未来的主角后，爷爷让主角去调查伊西瀑布脚下的三角石，在那里主角就能明白一切。
从幻觉中醒来，原来主角又穿越到了过去。刚才的场景是10年前的伊西村，而现在的伊西村已经被国王派人袭击变成了一片废墟，村里的人也被赶尽杀绝……(DQ4序章屠村旧梗浮现??)
原来主角手上的纹章可以和生命大树的树根共鸣，共鸣后将会穿越到过去，得到有用的情报。以后的游戏中一旦发现生命大树的树根(迷宫里也有)，都可以调查来穿越过去获取情报。
离开村子继续往东，经过伊西大瀑布，这里果然发现了爷爷所说的三角石。在石头下面发现了两封信。一封破旧的信是主角亲生母亲留下来的。原来主角是尤顾诺亚城的王子，母亲正是尤顾诺亚城王妃。尤顾诺亚王城遭受袭击，危难之中王妃料定自己必死，临终前将主角交付给神秘少年(卡妙??剧情这里还没给解释)。信中还告诉主角自己就是勇者的转世。另一封信是爷爷留下的，爷爷并非自己亲生，伊西村的妈妈也只是养母。爷爷救下了漂流而来的主角，并知晓主角勇者的身份。爷爷还说戴鲁卡达尔王违背了誓约，妄称勇者是灾难之种……爷爷说勇者是上古时代击倒邪恶的正义使者，如今勇者的出现一定有未知的使命，爷爷还把能打开旅行之门的神秘石头和信放在一起交给主角，让主角去继续旅行，寻找自己的使命……(看来国王和身边的两位大臣勇士都是反派，主角到底因为什么被追杀此处剧情还没有明确，只知道是国王从中作梗)
